Προβλήματα έχουν προκύψει και στις ακτοπλοϊκές συγκοινωνίες εξαιτίας των ισχυρών ανέμων στα πελάγη.
Συγκεκριμένα, όπως φαίνεται και στο σχετικό βίντεο, το πλοίο της ΑΝΕΚ «Έλυρος», που εκτελεί το δρομολόγιο από τον Πειραιά για τα Χανιά, μέχρι και λίγο πριν τις 8:30 το πρωί δεν είχε καταφέρει να δέσει στο λιμάνι της Σούδας, καθώς οι θυελλώδεις άνεμοι που πνέουν από τις πρωινές ώρες δεν επέτρεπαν την ασφαλή προσέγγιση.Σύμφωνα με το λιμεναρχείο Χανίων το πλοίο βρισκόταν στο λιμάνι της Σούδας από τις 05:30 το πρωί, χωρίς πάντως να μπορεί να δέσει, μέχρι τις 8:25, όταν και τα κατάφερε, με την βοήθεια ρυμουλκών, αφού το επέτρεψαν και οι ισχυροί άνεμοι που πνέουν στην περιοχή.
Εν τω μεταξύ, με καθυστέρηση απέπλευσε από το λιμάνι της Σούδας για το Ηράκλειο, το πλοίο των Μινωικών Γραμμών, που εκτελούσε το δρομολόγιο Πειραιάς, Χανιά, Ηράκλειο.